機柜前部的氣簾易碎，并且很容易被與之平行的人員打開(kāi)，通過(guò)打開(kāi)的窗戶(hù)，送風(fēng)裝置或實(shí)驗室設備（例如真空泵，離心機）產(chǎn)生空氣流動(dòng)。生物安全柜應按照加拿大標準協(xié)會(huì )（CSA）生物安全柜（I類(lèi)和II類(lèi)）：安裝和現場(chǎng)測試中列出的要求進(jìn)行安裝。它們應遠離高流量區域，門(mén)和供氣/排氣格柵，可能會(huì )中斷氣流模式。機柜頂部的排氣口與頂部障礙物之間應**少保持40 cm的暢通無(wú)阻距離。在可能的情況下，應在機柜的每一側提供30厘米的間隙以便維修。對于管道式機柜，排氣系統上的鼓風(fēng)機應位于管道系統的末端; 排氣流失敗應向用戶(hù)發(fā)出警報。為防止機柜受壓，應安裝聯(lián)鎖系統，以防止機柜鼓風(fēng)機在排氣流量不足時(shí)工作; 可能需要防回流裝置來(lái)防止反向氣流通過(guò)HEPA過(guò)濾器。
生物安全柜的連續操作有助于控制實(shí)驗室中的灰塵水平和其他空氣中的微粒。如果生物安全柜僅在需要時(shí)才運行以節約能源，則必須考慮實(shí)驗室空氣的平衡。在某些情況下，室內排氣是平衡的，包括通過(guò)管道生物安全柜排出的空氣，并且這些機柜不得關(guān)閉。
不建議向生物安全柜提供天然氣。生物安全柜中的明火會(huì )產(chǎn)生湍流，破壞氣流模式并可能損壞HEPA過(guò)濾器。如果不可能使用合適的替代品（例如一次性無(wú)菌環(huán)，微型焚化爐），可以使用具有指示燈以根據需要提供火焰的觸板微燃燒器。
