凈化工作臺有許多可能的配置。為特定的應用指定理想的環(huán)境將需要仔細考慮氣流，工作臺設計和過(guò)濾選項。
確定潔凈工作臺面的shou要決定是水平或垂直層流。垂直和水平氣流工作臺在保持物體不受污染方面各有優(yōu)缺點(diǎn)。工件的配置和待完成工作的性質(zhì)將影響垂直還是水平zui佳。面臨的挑戰是，當將物體放置在氣流中時(shí)，它的空氣動(dòng)力學(xué)不是很理想，并且會(huì )阻塞一些氣流，從而在其周?chē)a(chǎn)生湍流。在有湍流的地方，空氣交換速率降低，并且可能與相鄰的氣流混合。湍流會(huì )向下延伸來(lái)自物體的空氣蒸汽。然后，來(lái)自湍流區域的能量可以將空氣吸回上游，朝向物體。
當工件具有大的水平表面和/或垂直于氣流的狹窄橫截面時(shí)，水平氣流通常是zui好的。水平氣流也非常適合個(gè)人必須直接在工件上方工作的應用。在水平流動(dòng)的凈化工作臺上，工作對象與工人的手或儀器之間始終保持清潔的氣流。當使用標準氣流速度為90 LFPM（每分鐘線(xiàn)性英尺）且工作區域為30英寸的超凈工作臺時(shí)，進(jìn)行完整的空氣交換所需的時(shí)間不到兩秒鐘。典型的水平層流工作站具有桌面和三面罩。HEPA過(guò)濾器位于工作表面的垂直后側，容易損壞。有時(shí)需要使用輔助格柵來(lái)保護過(guò)濾器。
出于多種原因使用垂直流，但是主要考慮對象的大小和類(lèi)型。大物體會(huì )阻塞水平層流工作站中的氣流，從而在物體的下游側產(chǎn)生大面積的湍流。這些湍流區域通常在吸入周?chē)諝鈺r(shí)被污染。在垂直流動(dòng)下，空氣從頂部進(jìn)入工作區域并向下流動(dòng)，從而圍繞工作區域內的物體?？諝庠谇昂?，左右流動(dòng)，并用干凈的過(guò)濾空氣在各個(gè)方向上沖洗物體。
